Dimulai pada awal tahun 2018 PT Pupuk Kaltim berkomitmen untuk menerapkan konsep Pelabuhan ramah lingkungan di Tersus PKT. Untuk mendukung konsep Pelabuhan ramah lingkungan, seluruh aspek di Tersus PKT menerapkan konsep ramah lingkungan sesuai persyaratan dalam Green Port Guideline dan Rating Tools, sebagai contoh konsep ramah lingkungan yang telah diterapkan di Tersus PKT adalah sebagai berikut:

• Alat berat Crane menggunakan tenaga listrik.
• Mengganti lampu penerangan konvensional dengan LED.
• Melakukan uji emisi kendaraan operasional Pelabuhan.
• Memiliki tanaman hidup di lingkungan kerja.
• Menggunakan cat ramah lingkungan.
• Mengoptimalkan pencahayaan alami dan membuat pencahayaan buatan untuk menjaga kesehatan mata dan produktivitas dalam rangka penerapan green building.
• Menghindari penggunaan bahan perusak ozon.
• Kualitas udara ambient di wilayah Tersus PKT sesuai baku mutu.
• Memiliki pohon pelindung dan tanaman yang dapat mereduksi kebisingan.
• Berkomitmen mengembangkan potensi mangrove dengan Program Diversifikasi Mangrove dan Budidaya Kepiting (Server mang Budi) di Kawasan Telok Bangko Kelurahan Loktuan Bontang Utara,Provinsi Kalimantan Timur untuk menjaga pelestarian keanekaragaman hayati dan tata Kelola lingkungan.
• Program pelestarian terumbu karang di area konservasi dengan rutin menurunkan media terumbu sebanyak 500 setiap tahun.
• Implementasi Shore Power Connection di Tersus PKT, penggunaan energi fosil diganti dengan energi listrik (shore power).
• Tersus PKT memiliki Port Reception Facilities untuk pengelolaan limbah sampah dari kapal.
• Implementasi Sistem Manajemen Terintegrasi ISO 9001:2015, ISO 14001:2015, ISO 45001:2018 dan ISO 50001:2018.

Berdasarkan Implementasi yang telah diterapkan Tersus PKT, pada tanggal 18 s/d 21 Pebruari 2019 telah dilakukan assessment Green Port terkait tingkat pencapaian Implementasi Green Port di area Terminal Khusus PT Pupuk Kalimantan Timur yang mengacu pada dokumen Green Port Award Guideline dan Rating Tools. Dari hasil assessment tersebut Tersus PKT memperoleh hasil peringkat Level III dengan perolehan nilai 80,19. Tersus PKT menjadi Pelabuhan pertama di Indonesia yang mendapatkan Award Green Port dan mendapatkan apresiasi dari Kementerian Koordinator Bidang Kemaritiman. Penyerahan penghargaan Green Port Award kepada Terminal Khusus PT Pupuk Kalimantan Timur dilakukan secara langsung sekaligus membuktikan bahwa Tersus PKT merupakan pelabuhan yang menerapkan konsep ramah lingkungan.