SAI merupakan unit kerja yang menjalankan fungsi internal audit atau pengawasan internal. Visi dari SAI PKT adalah mitra strategis manajemen yang terpercaya dan profesional dalam mendukung pencapaian kinerja unggul Perusahaan.
Untuk mencapai Visi tersebut, SAI PKT memiliki beberapa Misi yaitu:

1. Memberikan nilai tambah bagi Perusahaan melalui pelaksnaaan assurance dan konsultansi yang berbasis risiko dan konsultansi yang objektif dan independen.
2. Meningkatkan harmonisasi dan sinergi fungsi internal audit antara Perusahaan, Anak Perusahaan, Komite Audit dan Eksternal Audit.
3. Meningkatkan kompetensi personil seara berkelanjutan dan mengoptimalkan penggunaan teknologi informasi.
4. Mendorong kegiatan inovasi dan perbaikan berkelanjutan di Perusahaan. 

Satuan Audit Internal PKT setiap tahunnya menyusun Program Kerja Audit Tahunan (PKAT) dengan mengacu pada risiko perusahaan, dalam PKAT tersebut berisi rincian aktivitas rencana audit, evaluasi, pendampingan dan konsultansi yang akan dilaksanakan dalam jangka waktu satu tahun. Peningkatan kompetensi juga terus dilakukan oleh SAI untuk menjawab tantangan perkembangan bisnis Pupuk Kaltim, salah satunya dengan sertifikasi nasional dan internasional seperti Qualified Internal Auditor (QIA) dari lembaga Yayasan Pendidikan Internal Auditor, Certified Risk Professional (CRP) dari TAP Kapital, Enterprise Risk Management Associate Professional (ERMAP) dan Enterprise Risk Management Certified Professional (ERMCP) dari Center of Risk Management and Sustainability (CRMS) Indonesia serta Certified Information System Auditor (CISA) dari Information Systems Audit and Control Association (ISACA).