Sebagai perusahaan manufaktur yang merupakan anak perusahaan dari PT Pupuk Indonesia (Persero), Pupuk Kaltim memproduksi dan menjual berbagai produk berbasis bahan baku kimia seperti Amoniak, Urea, Pupuk NPK dengan segmen pasar dalam maupun luar negeri yang tidak terlepas dari potensi bahaya. Dengan demikian, keselamatan dan kesehatan menjadi prioritas utama Pupuk Kaltim. Guna menciptakan tempat kerja yang aman, efisien, dan produktif, Pupuk Kaltim secara khusus merancang dan menetapkan Sistem Manajemen Keselamatan dan Kesehatan Kerja (SMK3) pada sebagian besar pekerjaan. Pelaksanaan Sistem Manajemen Keselamatan dan Kesehatan Kerja (SMK3) diawali dengan penetapan kebijakan, perencanaan, serta pelaksanaan rencana terkait K3. Selanjutnya, dilakukan pemantauan dan evaluasi kinerja K3 oleh sumber daya manusia yang kompeten, kemudian hasilnya ditinjau untuk dilakukan perbaikan dan peningkatan kinerja SMK3.

Dalam rangka membudayakan K3 baik bagi karyawan, keluarga, maupun masyarakat sekitar perusahaan dan kota Bontang, Pupuk Kaltim secara rutin melaksanakan program-program sosialisasi dan edukasi Keselamatan dan Kesehatan Kerja (K3), program tersebut direalisasikan dalam agenda lintas alam, sosialisasi K3 di sekolah-sekolah, sosialisasi penanggulangan keadaan darurat ke masyarakat bufferzone, sosialisasi HIV-AIDS bagi karyawan, anak sekolah dan masyarakat bufferzone, lomba fire and rescue (antar karyawan, antar kelurahan, serta antar perusahaan JVC (Joint Venture Company) dan kontraktor), aksi donor darah, lomba video K3, kuis K3 bagi pelajar yang dikemas dalam kegiatan Bulan K3 Nasional Pupuk Kaltim. Selain itu, Pupuk Kaltim melaksanakan tanggap darurat kecelakaan industri baik dalam tingkat internal perusahaan mapun tingkat kota Bontang setiap tahunnya. Hal ini sebagai wujud komitmen perusahaan dalam menerapkan SMK3.

Selain telah tersertifikasi SMK3 berdasarkan PP No 50 Tahun 2012, Pupuk Kaltim juga telah tersertifikasi ISO 45001:2018, hal ini sebagai bukti bahwa perusahaan telah melaksanakan SMK3 sesuai standar nasional maupun internasional. Berbagai penghargaan dalam bidang K3 telah diraih Pupuk Kaltim pada level nasional maupun internasional, antara lain:

1. Sertifikasi Product Steward Excellence Responsible Care Gold Award
2. IFA SHE Excellence Gold Medal dari International Fertilizer Association
3. IFA Green Leaf dari International Fertilizer Association
4. International Safety Award dari British Safety Council
5. Zero Accident Award dari Pemerintah Provinsi Kalimantan Timur dan dari Kementerian Ketenagakerjaan RI
6. Penghargaan Program Pencegahan dan Penanggulangan HIV dan AIDS di Tempat Kerja Kategori Platinum dari Pemerintah Provinsi Kalimantan Timur dan dari Kementerian Ketenagakerjaan RI
7. Penghargaan Program Pencegahan dan Penanggulangan HIV COVID-19 di Tempat Kerja Kategori Platinum dari Pemerintah Provinsi Kalimantan Timur dan dari Kementerian Ketenagakerjaan RI

Sebagai wujud komitmen Perusahaan dalam melakukan upaya aktif pencegahan dan penanggulangan pengaruh buruk terhadap keselamatan, kesehatan, keamanan dan produktivitas kerja akibat penyalahgunaan dan peredaran gelap Narkotika, Psikotropika, dan Zat Adiktif lainnya (NAPZA) maka Perusahaan menetapkan Kebijakan Pencegahan dan Penanggulangan Penyalahgunaan dan Peredaran Gelap NAPZA di tempat kerja.

Sesuai Undang undang No.1 Tahun 1970 tentang K3 dan peraturan Menteri Tenaga Kerja, dibentuklah P2K3 (Panitia Pembina Keselamatan dan Kesehatan Kerja) yang beranggotakan 60 orang yang terdiri dari wakil manajemen dan wakil karyawan. Setiap bulan P2K3 mengadakan rapat rutin yang dihadiri seluruh anggota P2K3 termasuk wakil dari serikat pekerja.

Perusahaan juga membentuk Tim Gugus Penanggulangan Kebakaran (Gupenkar) yang merupakan tenaga terlatih yang membantu unit kerja Pemadam Kebakaran dalam penanggulangan kebakaran yang direkrut dari berbagai unit kerja yang dibagi menjadi empat kelompok berdasarkan kemudahan koordinasi terutama bagi yang bekerja shift.

Perusahaan secara rutin menggelar latihan Tanggap Darurat di lingkungan pabrik dan sekitarnya. Selain merupakan kewajiban rutin perusahaan dan karyawannya, latihan ini sekaligus juga merupakan tanggung jawab perusahaan terhadap masyarakat di sekitar pabrik sebagai media sosialisasi dan latihan mengenai persiapan menghadapi kondisi darurat.